單鏈DNA Marker(20-75 nt)
貨號(hào)
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名稱(chēng)
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規(guī)格
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RTM507
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單鏈DNA Marker(20-75 nt)
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25次
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● 產(chǎn)品編號(hào)及規(guī)格:
貨號(hào)
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名稱(chēng)
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規(guī)格
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貯存
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RTM507-01
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單鏈DNA Marker(20-75 nt)
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62.5 μl
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-20℃
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DL080-01
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2×TBE尿素上樣緩沖液
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1 ml
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4℃
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DL112-01
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2×非變性PAGE DNA上樣緩沖液
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1 ml
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4℃
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● 產(chǎn)品簡(jiǎn)介:
單鏈DNA Marker由不同長(zhǎng)度的單鏈DNA分子混合而成,7條帶的大小為20,25,30,35,40,
50,75
nt。該產(chǎn)品不含有上樣緩沖液,可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求使用不同的上樣緩沖液,用于尿素變性電泳或非變性電泳。電泳后的PAGE膠可以使用單鏈DNA
PAGE電泳染色試劑盒(Cat:RTS5103),核酸PAGE電泳染色試劑盒(Cat:RTS5102),核酸快速高靈敏度染色試劑盒(Cat:RTS5101)或核酸染料如RealSafe
Red(貨號(hào):GR002)或RealSafe
All(貨號(hào):GR004)進(jìn)行染色,均可以得到清晰的條帶分離效果。
產(chǎn)品附帶2×TBE尿素上樣緩沖液和2×非變性PAGE DNA上樣緩沖液,方便待檢樣品的上樣。
配制好的即用型單鏈DNA Marker以每次上樣5 μl計(jì)算,該產(chǎn)品可以使用大約25次。
● 保存條件和運(yùn)輸:
按照標(biāo)簽溫度貯存;有效期2年;濕冰運(yùn)輸。
● 使用方法:
一. 即用型單鏈DNA Marker(20-75
nt)配制方法:
1.1 進(jìn)行尿素變性電泳:
即用型單鏈DNA
Marker(20-75 nt)
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配制體積 20 μl
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DNA
Marker(20-75 nt)
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10 μl
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2×TBE尿素上樣緩沖液
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10 μl
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混勻,70℃處理5分鐘
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1.2 進(jìn)行非變性電泳:
即用型單鏈DNA
Marker(20-75 nt)
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配制體積 20 μl
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DNA
Marker(20-75 nt)
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10 μl
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2×非變性PAGE DNA上樣緩沖液
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10 μl
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混勻,不用加熱處理
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二. 凝膠制備:
注:以下使用方法均以8×10cm凝膠 厚1.0mm示例,其他規(guī)格凝膠請(qǐng)適當(dāng)調(diào)整。
2.1 TBE-尿素凝膠制備:
2.1.1 可以選擇DNA尿素PAGE電泳試劑盒(Cat:RTE4102))或按照以下程序制膠:
表一 TBE-尿素PAGE分離膠配方表 (總體積5 ml,適用于厚度1.0 mm小板膠)
單鏈DNA長(zhǎng)度
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最佳凝膠濃度
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尿素(克)
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40%PAA
(29:1)
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10×TBE
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補(bǔ)水到總體積
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10%APS
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TEMED
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200-1000 nt
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5%
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2.1克
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0.625 ml
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0.5 ml
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5 ml
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50 μl
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5 μl
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50-400 nt
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8%
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2.1克
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1 ml
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0.5
ml
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5 ml
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50 μl
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5 μl
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30-300 nt
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10%
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2.1克
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1.25 ml
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0.5
ml
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5 ml
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50 μl
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5 μl
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10-150 nt
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15%
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2.1克
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1.875 ml
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0.5
ml
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5 ml
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50 μl
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5 μl
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5-120 nt
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20%
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2.1克
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2.5 ml
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0.5
ml
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5 ml
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50 μl
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5 μl
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2.1.2在凝膠模具中灌入適量分離膠溶液(對(duì)于mini-gel,凝膠液加至約距前玻璃板頂端1.5 cm或距梳齒約0.5 cm即可),然后在分離膠溶液上輕輕覆蓋一層1-5 cm的水層,使凝膠表面保持平整。
2.1.3靜置10-20分鐘,待分離膠和水層之間出現(xiàn)一個(gè)清晰的界面后,說(shuō)明凝膠已聚合。
注:凝膠的聚合時(shí)間與環(huán)境溫度有關(guān)。夏天溫度較高時(shí),聚合較快;冬天氣溫低時(shí),聚合時(shí)間會(huì)延長(zhǎng)??梢愿鶕?jù)環(huán)境溫度的不同調(diào)節(jié)APS的加入量。
2.1.4去除覆蓋在分離膠上的水層;按照表二將不同體積成分在一個(gè)小燒杯中混合;最后加入10%過(guò)硫酸銨和TEMED,輕輕攪拌使其混勻,避免產(chǎn)生氣泡。
表二 TBE-尿素PAGE 4%濃縮配方表 (總體積2 ml,適用于1.0mm厚度膠)
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各組份體積(ml)
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凝膠濃度
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尿素
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40%PAA(29:1)
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10×TBE
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滅菌水
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10%APS
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TEMED
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4%
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0.84克
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0.2 ml
|
0.2 ml
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補(bǔ)水至體積2 ml
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20 μl
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2 μl
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2.1.5將濃縮膠溶液加至分離膠的上面,直至凝膠溶液到達(dá)前玻璃板的頂端;將梳子插入凝膠內(nèi),避免產(chǎn)生氣泡。
2.1.6靜置30-60分鐘,等待濃縮膠聚合。
注:凝膠的聚合時(shí)間與環(huán)境溫度有關(guān)。夏天溫度較高時(shí),聚合較快;冬天氣溫低時(shí),聚合時(shí)間會(huì)延長(zhǎng)。可以根據(jù)環(huán)境溫度的不同調(diào)節(jié)APS的加入量。
2.2非變性凝膠制備:
2.2.1可以選擇DNA非變性PAGE電泳試劑盒(貨號(hào):RTE4101)或按照以下程序制膠。
2.2.2按照表三將不同體積的成分在小燒杯或試管中混合;最后加入10%APS和TEMED,輕輕攪拌使其混勻,避免產(chǎn)生氣泡。
2.2.3在凝膠模具中灌入適量分離膠溶液(對(duì)于mini-gel,凝膠液加至約距前玻璃板頂端1.5 cm或距梳齒約0.5 cm即可),然后在分離膠溶液上輕輕覆蓋一層1-5
cm的水層,使凝膠表面保持平整。
2.2.4靜置10-20分鐘,待分離膠和水層之間出現(xiàn)一個(gè)清晰的界面后,說(shuō)明凝膠已聚合
表三 TBE-非變性PAGE分離膠配方表 (總體積5 ml,適用于厚度1.0 mm小板膠)
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各組份體積(ml)
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最佳DNA分離范圍
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凝膠濃度
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滅菌水
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30%PAA(29:1)
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5×TBE
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10%APS
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TEMED
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70-450 bp
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6%
|
3
|
1.0
|
1.0
|
0.05
|
0.005
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60-460 bp
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8%
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2.66
|
1.34
|
1.0
|
0.05
|
0.005
|
50-300 bp
|
10%
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2.33
|
1.67
|
1.0
|
0.05
|
0.005
|
40-200 bp
|
12%
|
2
|
2.0
|
1.0
|
0.05
|
0.005
|
25-150 bp
|
15%
|
1.5
|
2.5
|
1.0
|
0.05
|
0.005
|
5-100 bp
|
20%
|
0.66
|
3.34
|
1.0
|
0.05
|
0.005
|
注:凝膠的聚合時(shí)間與環(huán)境溫度有關(guān)。夏天溫度較高時(shí),聚合較快;冬天氣溫低時(shí),聚合時(shí)間會(huì)延長(zhǎng)??梢愿鶕?jù)環(huán)境溫度的不同調(diào)節(jié)APS的加入量。
2.2.5去除覆蓋在分離膠上的水層;按照表四將不同體積成分在一個(gè)小燒杯或試管中混合;最后加入10%過(guò)硫酸銨和TEMED,輕輕攪拌使其混勻,避免產(chǎn)生氣泡。
表四 TBE-非變性PAGE 4%濃縮配方表 (總體積1.5 ml,適用于1.0mm厚度膠)
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各組份體積(ml)
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凝膠濃度
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滅菌水
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30%PAA(29:1)
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5×TBE
|
10%APS
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TEMED
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4%
|
1.0
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0.2
|
0.3
|
0.02
|
0.002
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2.2.6將濃縮膠溶液加至分離膠的上面,直至凝膠溶液到達(dá)前玻璃板的頂端;將梳子插入凝膠內(nèi),避免產(chǎn)生氣泡。
2.2.7靜置30-60分鐘,等待濃縮膠聚合。
注:凝膠的聚合時(shí)間與環(huán)境溫度有關(guān)。夏天溫度較高時(shí),聚合較快;冬天氣溫低時(shí),聚合時(shí)間會(huì)延長(zhǎng)??梢愿鶕?jù)環(huán)境溫度的不同調(diào)節(jié)APS的加入量。
三. 樣品制備:
3.1
根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康?,配制即用型單鏈DNA
Marker樣品(步驟一)。單鏈DNA樣品使用尿素變性電泳,雙鏈DNA樣品使用非變性電泳,單鏈/雙鏈混合樣品使用非變性電泳。
四. 電泳:
4.1. 預(yù)電泳(可選):電泳槽內(nèi)外加入適量1×TBE緩沖液穩(wěn)壓200V預(yù)電泳30分鐘。電泳結(jié)束后,用1×TBE緩沖液徹底沖洗加樣孔2-3次。
4.2.上樣:根據(jù)梳齒確定Marker上樣量, 一般是10齒1mm厚梳子上樣5
μl,15齒1mm厚梳子上樣3
μl。
4.3. 連接電源線(xiàn),打開(kāi)電源開(kāi)關(guān),按照以下條件電泳。
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恒電壓
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起始電流
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結(jié)束電流
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電泳時(shí)間
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適用條件
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推薦電壓
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200 V
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15-20 mA/板膠
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10-15 mA/板膠
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60+ min
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最佳電壓,最優(yōu)的分辨率
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4.4. 等待上樣緩沖液的溴酚藍(lán)指示前沿到凝膠底部時(shí)終止電泳,取出凝膠進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)。
膠濃度
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溴酚藍(lán)
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二甲苯菁
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5%
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~35 nt
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~130 nt
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8%
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~19 nt
|
~75 nt
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10%
|
~15 nt
|
~55 nt
|
15%
|
~10 nt
|
~52 nt
|
20%
|
~8 nt
|
~35 nt
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五.染色:
用單鏈DNA PAGE電泳染色試劑盒(Cat:RTS5103),核酸PAGE電泳染色試劑盒(Cat:RTS5102)或核酸快速高靈敏度染色試劑盒(Cat:RTS5101)染色均可以得到清晰的條帶分離效果。注:如果使用核酸染料染色,RealSafe Red(貨號(hào):GR002)或RealSafe All(貨號(hào):GR004)核酸染料結(jié)合單鏈核酸效果最佳,強(qiáng)烈建議使用以便獲得最佳效果的膠圖。其余染料如GelRed,Goldview,EB等染色效果不好。